Seksi Intelijen mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan rencana dan program kerja serta laporan pelaksanaannya, perencanaan, pengkajian, pelaksanaan, pengadministrasian, pengendalian, penilaian, dan pelaporan kebijakan teknis kegiatan intelijen, operasi intelijen, pengawalan dan pengamanan pemerintahan serta pembangunan, administrasi intelijen, dan pemberian dukungan teknis intelijen kepada bidang lain. Selain itu, Seksi Intelijen melaksanakan perencanaan, pelaksanaan, dan pelaporan pemetaan, pengelolaan teknologi informasi, kegiatan penerangan hukum, penyusunan dan pendistribusian laporan berkala dan insidentil, perkiraan keadaan intelijen, pengelolaan bank data intelijen, pengamanan informasi, pemeliharaan perangkat intelijen, koordinasi dan kerja sama dengan pemerintah daerah, BUMD, instansi dan organisasi terkait, pemberian bimbingan teknis intelijen, serta penyiapan bahan evaluasi kinerja fungsional sandiman.
Dalam melaksanakan tugasnya, Seksi Intelijen menyelenggarakan fungsi:
a. Penyiapan bahan perumusan rencana dan program kerja serta laporan pelaksanaannya.
b. Perencanaan, pengkajian, pelaksanaan, pengadministrasian, pengendalian, penilaian, dan pelaporan kebijakan teknis kegiatan intelijen, operasi intelijen, administrasi intelijen, pengawalan dan pengamanan pemerintahan serta pembangunan proyek strategis nasional dan daerah, serta penerangan hukum sebagai bahan masukan bagi pimpinan.
c. Pengendalian dan penilaian pelaksanaan kebijakan teknis kegiatan intelijen, operasi intelijen, administrasi intelijen, pengawalan dan pengamanan pembangunan strategis, serta penerangan hukum yang dilaksanakan oleh Cabang Kejaksaan Negeri.
d. Perencanaan dan pelaksanaan pemetaan potensi ancaman, gangguan, hambatan, dan tantangan di bidang ideologi, politik, pertahanan dan keamanan, sosial, budaya, kemasyarakatan, ekonomi, dan keuangan, serta pengamanan pembangunan strategis.
e. Perencanaan, pelaksanaan, pengadministrasian, pengendalian, dan pelaporan pemberian dukungan teknis intelijen kepada bidang lain.
f. Perencanaan, pengelolaan, dan pemeliharaan peralatan intelijen.
g. Penyusunan, penyajian, pendistribusian, dan pengarsipan laporan berkala dan insidentil.
h. Penyusunan dan pendistribusian perkiraan keadaan intelijen.
i. Pengadministrasian, pendistribusian, dan pengarsipan produk intelijen.
j. Penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan hasil pelaksanaan rencana dan program kerja intelijen.
k. Pengelolaan bank data intelijen dan pengendalian administrasi intelijen.
l. Penyiapan bahan analisis kebutuhan pengembangan sumber daya manusia dan teknologi intelijen.
m. Perencanaan dan pelaksanaan koordinasi dan kerja sama dengan pemerintah daerah, BUMD, instansi, dan organisasi lainnya.
n. Pemberian bimbingan dan pembinaan teknis intelijen serta administrasi intelijen kepada Cabang Kejaksaan Negeri.
o. Pemeliharaan peralatan intelijen.
p. Penyiapan bahan evaluasi dan penilaian kinerja fungsional sandiman.
Subseksi Intelijen terdiri dari:
a. Subseksi Ideologi, Politik, Pertahanan Keamanan, Sosial, Budaya, dan Kemasyarakatan.
b. Subseksi Ekonomi, Keuangan, dan Pengamanan Pembangunan Strategis.
c. Subseksi Teknologi Informasi, Produksi Intelijen, dan Penerangan Hukum.